Совет Попечителей является главным управляющим органом АУЦА, в функции которого входят ведение контроля над выполнением поставленной миссии и соблюдением ценностей Университета. Отечественные и зарубежные лидеры из производства, науки и гражданского общества предлагают свои рекомендации в формировании целей Университета и оказывают поддержку в их выполнении.